El trabajo nocturno o a turnos puede producir alteraciones en la salud del trabajador que pueden ser dar lugar a trastornos del sueño, de la nutrición, fatiga y perturbaciones nerviosas.
El organismo humano está sujeto a una serie de ritmos biológicos que se determinan por el entorno físico o social y que tienden a mantenerse a pesar de los cambios en los horarios de trabajo: son los denominados ritmos circadianos, que establecen las diferencias de temperatura corporal central, las funciones cardiocirculatorias y respiratorias, las endocrinas y la aternancia vigilia-sueño en un periodo tipo de 24 horas. Cuando los ritmos naturales no coinciden con los ritmos de actividad (laboral, de estudio, o cualquier otro factor que haga romper esa correspondencia) el organismo ha de ajustarse permanentemente a las condiciones cambiantes, cuestión que se dificulta con la edad.
El más afectado, sin perjuicio del resto de los trastornos psicofísicos, es el sueño. Está reconocida como necesaria una media de 7 horas y 30 minutos para recuperarse de la fatiga, con variaciones de un individuo a otro, donde se darán las fases del sueño que hacen que el cuerpo descanse suficientemente. Al dormir de día no se producen estas fases del sueño, acumulándose fatiga hasta llegar el punto de cronificarse: el individuo tiene continua sensación de cansancio, sumándose otra serie de sintomatología que abarcan, entre otros, cefalea, irritabilidad, depresión, nauseas y falta de apetito. Aumenta de esta forma, al disminuir por fatiga la capacidad de atención, el riesgo de sufrir accidentes tanto de carácter laboral como no laboral.
Los trastornos de la nutrición se atribuyen a la irregularidad en los turnos de comida, a las condiciones defectuosas de alimentación, a las perturbaciones del sueño y al consumo de excitantes (es especialmente reseñable las bebidas con cafeína o equivalentes, y las energéticas). Se estima que un tercio de los trabajadores a turnos sufren pérdidas de apetito y enfermedades relacionadas con una nutrición deficiente o inadecuada (gastritis, úlceras, hipercolesterolemia, dificultad para mantener el peso por pérdida o aumento en periodos relativamente breves...).
Se producen también alteraciones nerviosas, junto con un sentimiento de irregularidad en lo que habría de ser una vida "normal". Crisis de ansiedad, ataques de pánico, depresión, no son más que una muestra de las consecuencias de un ritmo contrario al habitual.
Pero quizás una de las consecuencias más visibles sean las que se refieren a la vida privada y social. Muchos de los conflictos provocados por los horarios nocturnos o por la turnicidad estriban en la dificultad de conciliar la vida familiar (o social) y la laboral. Mientras que entorno normalmente se organiza en horarios regulares, el trabajo a turnos o en turno de noche dificulta las actividades sociales y la convivencia en familia al no coincidir con el resto de las personas, disminuyendo las posibilidades de participación en actividades fuera del entorno laboral. Este desarraigo del entorno sociofamiliar tiene como consecuencias el fracaso escolar en los hijos (cuyo progreso académico es difícil e incluso imposible de seguir), falta de relación con amistades (se pueden mantener de forma telefónica o por chat e e-mail, pero es difícil relacionarse personalmente), y fracasos de pareja, llegando a triplicarse la cifra de divorcios entre este colectivo.
Finalmente, y ya en el ámbito puramente laboral, los trabajadores con horarios nocturnos o rotativos sufren más enfermedades y absentismo, además de registrar menos productividad y mayor número de errores.